Mahasiswa Kedokteran UI Berkunjung ke Lab Metalurgi dan Material FTUI 2023

Selasa, 12 November 2023

Foto asisten praktikum Simulasi Dinamika Molekular melakukan pengarahan singkat awal terkait praktikum.

Pada hari Jumat pekan lalu, 8 Desember 2023, mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia melakukan praktikum pada Laboratorium Komputasi Material yang berada di Departemen Teknik Metalurgi dan Material Fakultas Teknik UI. Praktikum ini merupakan bagian dari mata kuliah Teknik Simulasi Molekuler untuk Program Studi Magister Biomedik yang diampu oleh Dr. Jaka Fajar dari FT-UI serta Rafika Indah, M.Farm., Linda Erlina, M.Farm., Dr. Fadilah, Surya Dwira, M.Si. dan Dr. Ade Arsianti dari FK-UI.

Praktikum dimulai pada pukul 13.30-15.00 yang dengan asisten Aditya Asprilla dan Anggit Driasaditya dari Departemen Teknik Metalurgi dan Material FT-UI. Rangkaian praktikum ini dibagi menjadi empat modul. Tujuan modul tersebut untuk memberikan kemampuan kognitif, psikomotorik, dan afektif dalam upaya pencarian obat-obatan menggunakan metode in silico dinamika molekuler.

Adapun modul pertama berjudul "Preparasi Ligan dan Protein". Tujuannya untuk menampilkan struktur tiga dimensi ligan yang paling stabil dengan menyesuaikan bentuk ikatan struktur, nilai tautometer dan derajat ionisasi. Selain itu, memperbaiki struktur protein yang telah diunduh secara fisika dan kimia.

Selanjutnya pada modul kedua berjudul "Penambatan Molekuler". Tujuannya untuk memprediksi ikatan antara ligan dan protein target agar dapat mengkonfirmasi pengikatan dan afinitas pengikatannya.

Foto asisten memandu jalannya praktikum Simulasi Dinamika Molekular.

Kemudian modul ketiga dengan judul "Dinamika Molekuler" bertujuan untuk memprediksi pergerakan setiap atom pada protein ataupun sistem biomolekul lain dalam jangka waktu tertentu, berdasarkan prinsip Newton tentang interaksi antar atom. Hasilnya berupa pengamatan seperti pengikatan ligan, pelipatan protein, dan lain-lain.

Terakhir, praktikum ditutup oleh modul keempat dengan judul "Prediksi ADMET". Tujuannya untuk memprediksi aspek adsorpsi/penyerapan pada tubuh, distribusi senyawa, metabolisme, eksresi, serta toksisitas atau sifat beracun pada tubuh. Pengujian umumnya menggunakan website pkCSM ataupun SwissADME.

Harapannya, para mahasiswa yang telah menyelesaikan praktikum ini mendapatkan pemahaman serta mampu untuk melakukan dan menganalisis proses pencarian obat-obatan menggunakan metode in silico dengan bantuan dinamika molekuler.